অটোস্যাম্পলার শিশিগুলির পছন্দটি অনেক পরীক্ষাগার ব্যবহার করে তাত্পর্যপূর্ণ ক্রোমাটোগ্রাফি যন্ত্রগুলির তুলনায় অনেক কম গুরুত্বপূর্ণ বলে মনে হতে পারে। যাইহোক, এইচপিএলসি বা জিসি শিশি, ক্যাপস, সেপ্টাস এবং সন্নিবেশগুলির ভুল পছন্দগুলি কম পরীক্ষার উত্পাদনশীলতা এবং পুনরুত্পাদনযোগ্যতা বা অটোস্যাম্পলারের যান্ত্রিক ক্ষতি হতে পারে।