Při analýze HPLC je velikost částic chromatografického balení sloupce malá a je snadné být blokován částicemi nečistot. Proto musí být vzorky a rozpouštědla filtrovány předem, aby se odstranily kontaminanty částic a chránily nástroj. Iontová chromatografie, která se běžně používá v environmentální analýze, také vyžaduje, aby při předběžném ošetření vzorku nebyly zavedeny žádné anorganické znečišťující látky. Filtry stříkačky mohou být použity v analýze HPLC a analýze IC pro filtrování vzorkovacích roztoků, což je důležitý krok v procesu předúpravy vzorku.
