Výběr lahviček autosampleru se může zdát mnohem méně důležitý ve srovnání s významnými chromatografickými přístroji, které mnoho laboratoří používá. Nesprávný výběr lahviček, uzávěrů, přepážek a vložek pro HPLC nebo GC však může vést k nižší produktivitě experimentu a reprodukovatelnosti nebo dokonce mechanickému poškození autosampleru.