Η επιλογή των φιαλιδίων αυτόματης δειγματοληψίας μπορεί να φαίνεται πολύ λιγότερο σημαντική σε σύγκριση με τα όργανα χρωματογραφίας σημασίας που χρησιμοποιούν πολλά εργαστήρια. Ωστόσο, οι λανθασμένες επιλογές φιαλιδίων HPLC ή GC, καπακιών, διαφραγμάτων και ενθέτων μπορεί κάλλιστα να οδηγήσουν σε χαμηλότερη παραγωγικότητα και αναπαραγωγιμότητα του πειράματος ή ακόμη και σε μηχανική βλάβη στον αυτόματο δειγματολήπτη.