La elekto de aŭtosamplerfioloj povas ŝajni multe malpli grava komparite kun la signifokromatografiinstrumentoj kiujn multaj laboratorioj uzas. Tamen, la malĝustaj elektoj de HPLC aŭ GC-fioloj, ĉapoj, septoj kaj enigaĵoj povus bone konduki al pli malalta eksperimentproduktiveco kaj reproduktebleco aŭ eĉ mekanika damaĝo al la aŭtospecimplilo.