Le choix des flacons d'échantillonneur automatique peut sembler beaucoup moins important que les instruments de chromatographie de signification que de nombreux laboratoires utilisent. Cependant, les mauvais choix de flacons HPLC ou de GC, de CAPS, de septas et d'inserts peuvent bien entraîner une baisse de la productivité et de la reproductibilité de l'expérience ou même des dommages mécaniques à l'échantillonneur automatique.