A elección dos frascos de autosamplas pode parecer moito menos importante en comparación cos instrumentos de cromatografía de importancia que utilizan moitos laboratorios. Non obstante, as opcións erróneas de frascos de HPLC ou GC, tapóns, septas e insercións poden levar a menor produtividade e reproducibilidade de experimentos ou incluso danos mecánicos no autosamplador.