ऑटोसैम्पलर शीशियों की पसंद बहुत कम महत्वपूर्ण लग सकती है जो कि क्रोमैटोग्राफी उपकरणों की तुलना में कई प्रयोगशालाओं का उपयोग करती है। हालांकि, एचपीएलसी या जीसी शीशियों, कैप्स, सेप्ट्स और आवेषण के गलत विकल्प अच्छी तरह से कम प्रयोग उत्पादकता और प्रजनन क्षमता या यहां तक कि यांत्रिक क्षति को ऑटोसैम्पलर को जन्म दे सकते हैं।