Za neke primjene polipropilenske HPLC bočice nisu prikladne zbog njihovog sastava i kemijskih svojstava. Među njima su analiza teških metala, analiza vode i proteina, atomska apsorpcija, kapilarna elektroforeza (CE) i ionska kromatografija (IC). Za sve ove slučajeve dostupne su polipropilenske bočice visoke čistoće s 0,3 ml, dostupne su 0,7 ml i 1,5 ml u prozirnom i jantalnom.
