הבחירה בבקבוקוני דגימה אוטומטית עשויה להיראות הרבה פחות חשובה בהשוואה למכשירי הכרומטוגרפיה המשמעותיים רבים משתמשים במעבדות. עם זאת, הבחירות השגויות של בקבוקוני HPLC או GC, CAPS, SEPTAS ותוספות עשויות בהחלט להוביל לפריון ניסוי נמוכה יותר ולשכפול או אפילו נזק מכני לדגמה האוטומטית.