עבור יישומים מסוימים בקבוקוני Polypropylene HPLC אינם מתאימים בגלל ההרכב שלהם ותכונותיהם הכימיות. בין אלה הם ניתוח מתכות כבדות, ניתוח מים וחלבונים, ספיגת אטום, אלקטרופורזה נימית (CE) וכרומטוגרפיה של יונים (IC). בכל המקרים הללו קיימים בקבוקוני פוליפרופילן טוהר עם 0.3 מ"ל, 0.7 מ"ל ו 1.5 מ"ל בשקוף וענבר.
