აუტოსამპლერის ფლაკონების არჩევანი შეიძლება გაცილებით მნიშვნელოვანი ჩანდეს, ვიდრე ქრომატოგრაფიის ინსტრუმენტებთან შედარებით, რომელსაც მრავალი ლაბორატორია იყენებს. ამასთან, HPLC ან GC ფლაკონების, CAPS, SEPTAS და ჩანართების არასწორმა არჩევანმა შეიძლება გამოიწვიოს ექსპერიმენტის პროდუქტიულობის და რეპროდუქციულობის შემცირება ან თუნდაც მექანიკური დაზიანება აუტოსამპლერის მიმართ.