ಅನೇಕ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯಗಳು ಬಳಸುವ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೋಗ್ರಫಿ ಉಪಕರಣಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಆಟೋಸ್ಯಾಂಪ್ಲರ್ ಬಾಟಲುಗಳ ಆಯ್ಕೆಯು ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯನ್ನು ತೋರಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, HPLC ಅಥವಾ GC ಬಾಟಲುಗಳು, ಕ್ಯಾಪ್ಸ್, ಸೆಪ್ಟಾಸ್ ಮತ್ತು ಇನ್ಸರ್ಟ್ಗಳ ತಪ್ಪು ಆಯ್ಕೆಗಳು ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಯೋಗ ಉತ್ಪಾದಕತೆ ಮತ್ತು ಪುನರುತ್ಪಾದನೆಗೆ ಅಥವಾ ಆಟೋಸ್ಯಾಂಪ್ಲರ್ಗೆ ಯಾಂತ್ರಿಕ ಹಾನಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು.