HPLC analīzē hromatogrāfijas kolonnu iesaiņojuma daļiņu lielums ir mazs, un to ir viegli bloķēt ar piemaisījumu daļiņām. Tāpēc paraugi un šķīdinātāji ir jāfiltrē iepriekš, lai noņemtu daļiņu piesārņotājus un aizsargātu instrumentu. Jonu hromatogrāfija, ko parasti izmanto vides analīzē, arī prasa, lai parauga pirmapstrādē neorganiski piesārņotāji netiktu ieviesti. Šļirces filtrus var izmantot HPLC analīzē un IC analīzē, lai filtrētu paraugu risinājumus, kas ir svarīgs solis parauga pirmapstrādes procesā.
