പ്രാധാന്യ ക്രോമാറ്റോഗ്രാഫിയുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ഓട്ടോസേംപ്ലർ വെയറുകളുടെ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് പലതും വളരെ കുറവാണ് തോന്നാം. എന്നിരുന്നാലും, എച്ച്പിഎൽസി അല്ലെങ്കിൽ ജിസി വെയൽ, തൊപ്പികൾ, സെപ്റ്റങ്ങൾ, ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ എന്നിവയുടെ തെറ്റായ തിരഞ്ഞെടുപ്പുകൾ, എക്സ്പ്ലൂഷ്യൽ ഉൽപാദനക്ഷമതയോ പുനരുൽപാദനക്ഷമതയോ ഓട്ടോസേംപ്ളലിന് മെക്കാനിക്കൽ നാശത്തിലേക്കോ നയിച്ചേക്കാം.