പല ലബോറട്ടറികളും ഉപയോഗിക്കുന്ന ക്രോമാറ്റോഗ്രാഫി ഉപകരണങ്ങളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ഓട്ടോസാംപ്ലർ കുപ്പികളുടെ തിരഞ്ഞെടുപ്പിന് വളരെ പ്രാധാന്യം കുറഞ്ഞതായി തോന്നിയേക്കാം. എന്നിരുന്നാലും, HPLC അല്ലെങ്കിൽ GC കുപ്പികൾ, ക്യാപ്സ്, സെപ്റ്റസ്, ഇൻസെർട്ടുകൾ എന്നിവയുടെ തെറ്റായ തിരഞ്ഞെടുപ്പുകൾ പരീക്ഷണ ഉൽപ്പാദനക്ഷമതയും പുനരുൽപ്പാദനക്ഷമതയും അല്ലെങ്കിൽ ഓട്ടോസാംപ്ലറിന് മെക്കാനിക്കൽ നാശനഷ്ടം വരെ നയിച്ചേക്കാം.