क्रोमॅटोग्राफी इन्स्ट्रुमेंट्सच्या अनेक प्रयोगशाळांचा वापर केलेल्या महत्त्वाच्या तुलनेत ऑटोसॅम्प्लर कुपींची निवड खूपच कमी वाटू शकते. तथापि, एचपीएलसी किंवा जीसी व्हायल्स, सीएपीएस, सेप्टास आणि इन्सर्ट्सच्या चुकीच्या निवडीमुळे कमी प्रयोगांची उत्पादकता आणि पुनरुत्पादकता किंवा ऑटोसॅम्पलरला यांत्रिक नुकसान होऊ शकते.