De keuze van autosamper injectieflacons lijkt misschien veel minder belangrijk in vergelijking met de significantiechromatografie -instrumenten die veel laboratoria gebruiken. De verkeerde keuzes van HPLC- of GC -flesjes, caps, septa's en inzetstukken kunnen echter wel leiden tot een lagere experimentproductiviteit en reproduceerbaarheid of zelfs mechanische schade aan de autosampler.