W analizie HPLC wielkość cząstek pakowania kolumn chromatograficznych jest niewielka i łatwo jest go zablokować przez cząstki zanieczyszczenia. Dlatego próbki i rozpuszczalniki muszą być filtrowane z wyprzedzeniem w celu usunięcia zanieczyszczeń cząstek stałych i ochrony instrumentu. Chromatografia jonowa, która jest powszechnie stosowana w analizie środowiska, wymaga również, aby nie wprowadzono żadnych zanieczyszczeń nieorganicznych w wstępnej obróbce. Filtry strzykawki mogą być stosowane w analizie HPLC i analizie IC do filtrowania roztworów próbki, co jest ważnym krokiem w procesie wstępnego obróbki próbki.
