În analiza HPLC, dimensiunea particulelor a ambalajului coloanei cromatografice este mică și este ușor de blocat de particulele de impuritate. Prin urmare, probele și solvenții trebuie să fie filtrați în avans pentru a îndepărta contaminanții de particule și pentru a proteja instrumentul. Cromatografia ionică, care este utilizată în mod obișnuit în analiza mediului, necesită, de asemenea, introducerea poluanților anorganici în pretratarea eșantionului. Filtrele de seringă pot fi utilizate în analiza HPLC și analiza IC pentru a filtra soluții de probă, ceea ce este un pas important în procesul de pretratare a eșantionului.