Alegerea flacoanelor AutoSampler poate părea mult mai puțin importantă în comparație cu instrumentele de cromatografie importantă pe care le folosesc multe laboratoare. Cu toate acestea, alegerile greșite de flacoane HPLC sau GC, capace, septa și inserții ar putea duce la scăderea productivității și reproductibilității experimentului sau chiar a deteriorării mecanice a autosamplerului.