Výber ampuliek s automatickým vzorkovačom sa môže zdať oveľa menej dôležitý v porovnaní s dôležitými chromatografickými prístrojmi, ktoré mnohé laboratóriá používajú. Nesprávny výber liekoviek, uzáverov, prepážok a vložiek pre HPLC alebo GC však môže viesť k nižšej produktivite experimentu a reprodukovateľnosti alebo dokonca mechanickému poškodeniu automatického vzorkovača.