Për disa aplikime, shishkat e polipropilenit HPLC nuk janë të përshtatshme për shkak të përbërjes dhe vetive kimike të tyre. Midis tyre janë analiza e metaleve të rënda, analiza e ujit dhe proteinave, përthithja atomike, elektroforeza kapilar (CE) dhe kromatografia jonike (IC). Për të gjitha këto raste janë të disponueshme shishe polipropileni me pastërti të lartë me 0,3 mL, 0,7 mL dhe 1,5 ml transparente dhe qelibar.