Zgjedhja e shishkave autosampler mund të duket shumë më pak e rëndësishme në krahasim me instrumentet e rëndësisë së kromatografisë që përdorin shumë laboratorë. Sidoqoftë, zgjedhjet e gabuara të shishkave HPLC ose GC, CAPS, Septas dhe Inserts mund të çojnë në uljen e produktivitetit dhe riprodhueshmërisë së eksperimentit ose edhe dëmtimit mekanik të autosamplerit.