Valet av autosampler -injektionsflaskor kan verka mycket mindre viktigt jämfört med betydelsekromatografiproster som många laboratorier använder. Emellertid kan felaktiga val av HPLC- eller GC -injektionsflaskor, mössor, septas och skär leder till lägre experimentproduktivitet och reproducerbarhet eller till och med mekanisk skada på autosampler.