Otomatik numune şişelerinin seçimi, birçok laboratuvarın kullandığı önem kromatografisi aletlerine kıyasla çok daha az önemli görünebilir. Bununla birlikte, HPLC veya GC şişelerinin, kapakların, septaların ve eklerin yanlış seçimleri, daha düşük deney verimliliğine ve tekrarlanabilirliğine ve hatta otomatik örneklemde mekanik hasara yol açabilir.